Übertragungstyp für Dateien
Beim Übertragungstyp sollte von Automatisch
auf Binär
umgestellt werden. Sonst kann es vorkommen, dass bei einer Dateiprüfung die Quersummen nicht mehr stimmen.

Mac: .DS_Store-Dateien ausblenden
Bei einem Mac sollten die .DS_Store-Dateien ausgeblendet werden, damit diese auch nicht übertragen und somit ignoriert werden.
Siehe hierzu Beitrag: FileZilla: .DS_Store-Dateien ausblenden
UTF-8 erzwingen
Bei der Übertragung sollte dazu auch noch der Datensatz UTF-8 erzwungen werden. Es könnte sonst passieren, dass Umlaute in Dateinamen nicht korrekt übertragen werden und somit der Dateiaufruf über die Webseite nicht mehr funktioniert.
Die Einstellung ist über den Servermanager

und dann bei jeder Verbindung unter Zeichensatz zu finden.

Die Standard-Einstellung ist hier Automatische Erkennung
. Diese auf UTF-8 erzwingen
ändern.